La fondazione del Palazzo Reale di Napoli risale ai primi del 1600, quando i Viceré spagnoli di Napoli decisero di costruire, per sé e per i soggiorni del Re di Spagna, una residenza spaziosa e confortevole, ben diversa quindi, dai castelli fortificati nei quali avevano vissuto i Re angioini ed aragonesi. Il luogo prescelto si trovava accanto a Castel Nuovo, alla fine di via Toledo, verso il nuovo quartiere residenziale di Chiaia, a sud-ovest della città antica. Il progetto fu affidato dall’allora viceré, Fernando Ruiz de Castro Conte di Lemos, all'architetto Domenico Fontana, tra i più famosi architetti del tempo, proveniente dalla corte papale, che ispirò il suo disegno progettuale a canoni tardo-rinascimentali, già sperimentati a Roma, nella sua attività per Sisto V.

All'interno del sito sono creati dei percorsi tematici che collegano trasversalmente gli oggetti del museo seguendo criteri topografici, cronologici, iconografici, tipologici.